Obrtnici koji obavljaju samostalnu djelatnost te ostale fizičke osobe koje obavljaju djelatnosti koje su s obrtom izjednačene poput slobodnih zanimanja odvjetnika, sportskih trenera, savjetnika i drugi, vode poslovne knjige sukladno načelu jednostavnog knjigovodstva te utvrđuju poreznu osnovicu i plaćaju porez sukladno Zakonu o obrtu, u pravili su obveznici poreza na dohodak. Poreznu osnovicu utvrđuju kao razliku naplaćenih primitaka i plaćenih izdataka, koja se dodatno umanjuje za osobni odbitak (48.000,00 kn) što predstavlja pogodnost u odnosu na sustav poreza na dobit te za ostala umanjenja i uvećanja porezne osnovice koja je zakonom propisana. Porez utvrđuju primjenom dviju progresivnih poreznih stopa od 24% ukoliko imaju dohodak manji od 360.000,00 kuna (30.000,00 kn mjesečno) ili 36% ukoliko dohodak premašuje navedeni iznos. Porez na dohodak uvećavaju za prirez čija stopa ovisi o mjestu uobičajenog boravišta ili prebivališta poreznog obveznika (npr. Grad Zagreb 18%)

           Za razliku od obveznika poreza na dohodak, obveznici poreza na dobit utvrđuju dobit kao razliku prihoda i rashoda nastalih u poreznom razdoblju bez obzira da li su ti prihodi ili rashodi stvarno plaćeni odnosno naplaćeni što znači da poreznu osnovicu utvrđuju na temelju obračunskog načela. Poslovne knjige vode prema Zakonu o računovodstvu na načelu dvojnog knjigovodstva. Obvezu poreza na dobit obračunavaju po poreznim stopama od 12% ukoliko ostvare do 7.500.000,00 kuna prihoda, a ako prijeđu navedeni iznos porezna stopa iznosi 18%. Iako stope poreza na dobit ostavljaju dojam da će obveznik poreza na dobit platiti manji porez od obveznika poreza na dohodak ipak je zakonodavac povisio osnovicu za obračun doprinosa za obvezna osiguranja te ukinuo mogućnost priznavanja osobnog odbitka za vlasnika i uzdržavane članove obrta koji bi dodatno umanjili osnovicu poreza na dobit. Osim toga problem može predstavljati manjak novca koji kod obveznika poreza na dobit može nastati zbog neredovite naplate potraživanja, a porez na dobit i PDV su obvezni obračunati i platiti u propisanim rokovima. Također vlasnici poduzeća koji žele izvući neto dobit poduzeća za svoje privatne potrebe također moraju platiti porez na dohodak od kapitala koji iznosi 12%, a osnovica je neto dobit koja se isplaćuje.

            Nadalje, vlasnici obrta u sustavu poreza na dobit moraju obračunavati doprinose za obvezna osiguranja na osnovicu od 9.616,20 kuna dok vlasnici obrta u sustavu poreza na dohodak obračunavaju doprinose na osnovicu od 5.682,30 kuna, što predstavlja još jednu prednost sustava poreza na dohodak. Iako je svaki slučaj za sebe te ne vrijede ista pravila za sve obrtnike ponajviše zbog vrste djelatnosti te određenih olakšica koje ostvaruju pojedini porezni obveznici ipak je sustav poreza na dobit nešto isplativiji što se tiče poreznih davanja, a ponajviše zbog niže porezne stope koju primjenjuje sustav poreza na dobit. Međutim ukoliko se obrtnici bave djelatnošću koja ostvaruje niske iznose dohotka te imaju puno uzdržavanih članova obitelji na poreznoj kartici, u tom slučaju sustav poreza na dohodak je znatno isplativiji te se čak zna dogoditi da porezni obveznici niti nemaju poreznu obvezu na kraju obračunskog razdoblja (većina mikro poduzetnika). Porezni obveznici mogu promijeniti sustav oporezivanja dragovoljno ako smatraju da će im određeni sustav oporezivanja biti povoljniji ili su pod određenim uvjetima obvezni promjeniti način oporezivanja što propisuje Zakon o porezu na dohodak. Ukoliko se odluče dobrovoljno promijeniti sustav oporezivanja tada moraju podnijeti Poreznoj upravi izjavu najkasnije do kraja tekuće godine koja prethodi godini u kojoj žele promijeniti način oporezivanja.